ペット用の新薬開発における主な課題は、異なる種類や大きさのペットに対する安全性と有効性の確認です。各種動物の生理学的特性や代謝の違いを考慮し、種ごとに最適化された治療法の開発が必要です。また、ペットの特定の健康状態や食生活に適した薬剤を開発する必要があります。これには、犬や猫などの主要なペット種に対する広範な臨床試験が必要となります。さらに、新薬の開発には、飼い主にとって扱いやすく、ペットにとってストレスが少ない投与方法の開発も重要です。