株式会社バイオジップコードの起源は、2015年に遡ります。当時、株式会社StudioMakyu（代表取締役 小島史久）が滋賀医科大学 生化学・分子生物学講座（元教授 小島秀人、現再生医療開拓講座特別教授）との共同研究の一環として、バイオイノベーションセンター内に研究室を設置しました。

従来のIn Vivo（生体内）およびIn Vitro（試験管内）での研究に加え、In Silico（コンピューターシミュレーション）を用いた研究開発支援が行われていました。具体的には、BLASTなどのバイオインフォマティクスツールの活用、独自ソフトウェアの開発、大規模計算処理のためのGPGPUの使用が含まれます。

2022年1月、StudioMakyuとの共同研究を引き継ぐ形で、株式会社バイオジップコードが設立されました。同年4月以降、滋賀医科大学内に「再生医療開拓講座」の共同研究室が設置され、糖尿病をはじめとする難治性疾患の治癒を目指した新たな治療法の開発に取り組んでいます。また、細胞標的化ペプチド（バイオジップコード）を活用した新規治療法の確立も進めています。

糖尿病は一度発症すると完治が難しい病とされています。当社では、なぜ「治ることがない」とされているのかを科学的に解明し、その答えを探求することで、治療法の開発に努めてきました。

2023年6月には、糖尿病の完治に関する画期的な研究成果が科学雑誌に掲載され、それを契機に、株式会社バイオジップコードは共同研究費の増額を決定し、研究を加速させています。現在、紆余曲折はあるものの複数のアカデミアや企業と協力しつつ資本を取り入れ、社会実装に向けた準備を進めています。

2026年からは、京都大学大学院医学研究科・医学部の産学共同講座「生命情報開拓講座」と共同研究を進め、細胞標的化治療の研究開発をさらに発展させています。